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Initialement, Tor n'a pas vocation à être utilisé conjointement à des systèmes peer-to-peer. La raison est simple: l'architecture réseau de Tor ne repose pas sur le peer-to-peer, mais sur un nombre limité de machines tenues par des volontaires. Faire transiter un réseau P2P par le réseau Tor, c'est donc recentraliser les communications, et perdre l'intérêt que possède le réseau P2P.
Cela exclue donc des scénarios d'usages possibles le téléchargement de fichiers volumineux. Ce qui est privilégié, c'est la possibilité de surfer sur des sites web de façon anonyme.
Le réseau Tor est aussi volontairement centralisé, sans doute pour faire en sorte qu'il n'atteigne pas une échelle où il serait difficile de surveiller la compromission de chaque noeud. Le réseau stagnerait ainsi pour fonctionner à ±3000 noeuds, ce qui ne le rend pas immune1).
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