L'intérêt du chiffrement du protocole utilisé par certains logiciels pair-à-pair est principalement d'échapper à la Deep Packet Inspection (DPI).
Il faut comprendre que le but de ce chiffrement n'est absolument pas de vous rendre anonymes ou intraçables. Il s'agit plutôt de faire en sorte que vos communications BitTorrent ne ressemblent pas à des communications BitTorrent typiques, donc d'apporter suffisamment de confusion lorsque vous communiquez avec l'extérieur pour que les équipements réseaux qui sont sur votre route et qui souhaiteraient brider votre traffic ne puissent pas le faire.
Chez les fournisseurs d'accès Internet français, le bridage du traffic P2P n'est pas avéré (ou bien ils l'ont fait, puis se sont rétractés), mais la tentation a toujours été significative. Le bridage est pratiqué dans d'autres pays (États-Unis…).
Le chiffrement activé nécessite plus de calculs et donc plus d'efforts de la part de votre processeur, mais les processeurs modernes le digèrent très bien. Plus globalement dans le monde du P2P, avoir le chiffrement activé, même lorsque nous n'en n'avons nous-mêmes pas besoin, peut aider d'autres utilisateurs situés sur des réseaux soumis au DPI à mieux accéder aux ressources, il est donc poli de l'activer.